O Fundo Baobá é um fundo patrimonial, uma forma de garantir a sustentabilidade de uma causa no longo prazo. Nessa estrutura, os recursos principais não são gastos: eles geram rendimentos, e é uma parcela desses rendimentos que financia projetos e ações. Isso traz autonomia, estabilidade e visão de futuro. No caso do Fundo Baobá, esse modelo reforça o compromisso com a continuidade do enfrentamento ao racismo, com base firme e duradoura, como a própria árvore baobá.

O patrimônio do Fundo é formado por doações contínuas de empresas, organizações não-governamentais e pessoas físicas, resgatando os princípios da tradicional filantropia negra, que inclui contribuições financeiras, de bens, tempo, serviços, conhecimentos e tecnologias sociais. Os rendimentos gerados são utilizados para implantar programas próprios, apoiar projetos relacionados ao enfrentamento ao racismo e arcar com os custos operacionais.

O Fundo Baobá integra o legado de trabalho e investimentos da Fundação Kellogg no Brasil. Ao apoiar sua constituição, a WKKF, uma das maiores entidades filantrópicas do mundo, se comprometeu com a formação de um patrimônio dedicado à completa inclusão das populações afrodescendentes na sociedade brasileira. A mobilização contínua de recursos garante as doações feitas a lideranças, organizações, grupos e coletivos negros.