Responsável por eleger os membros dos Conselhos Deliberativo e Fiscal e do Comitê de Investimento, órgãos que compõem o a governança do Fundo Baobá, além de avaliar os relatórios anuais; promover alterações estatutárias e tratar de assuntos institucionais submetidos pelos demais órgãos da governança.

O Conselho Deliberativo tem como papel principal fazer as aprovações de: propostas orçamentárias anuais, planejamento estratégico e de atividades, demonstrações financeiras, recebimento de doações e concessões de títulos. Cabe ao órgão aprovar e estabelecer as regras sobre gestão do Fundo Patrimonial e nomear o Comitê de Investimento: e ainda aprovar o regimento interno do Fundo Baobá e o regulamento das contratações.

O Conselho Fiscal é o órgão responsável por analisar e realizar o diagnóstico sobre as demonstrações contábeis do Fundo Baobá, levar à Assembleia Geral as informações sobre possíveis erros ou irregularidades, além de propor auditorias externas.

O Comitê de Investimento é responsável por monitorar e avaliar a gestão financeira sobre o Fundo Patrimonial; identificar riscos; submeter políticas, regras e recomendações sobre investimentos e resgates à aprovação do Conselho Deliberativo. Também cabe ao Comitê de Investimento emitir relatórios referentes ao Fundo Patrimonial Vinculado para apresentação aos demais órgãos de governança.